O bioinformatike + rozhovor s mojím gréckym kolegom o jeho PhD štúdiu.

Ilustracný obrázok (zdroj: http://www.nust.edu.pk)
Zhrnutie:

Slovníček. Bioinformatika – medzidborová vedná disciplína kombinujúca bioinformatiku, výpočtovú techniku, informatiku, matematiku a štatistiku k analýze a interpretácii biologických dát. Moja definícia. Bioinformatika – oslí mostík, pomáhajúci vedcom z laboratórií na základe dát objasniť rôzne javy a interpretovať výsledky získané pokusom, a vedcom teoretikom poskytuje dáta z reálneho sveta na overenie ich hypotéz a modelov.

Predslov:

Som bioinformatička, pracujem v Nemecku. Bioinformatiku využívam pri výskume evolúcie (rastliny, živočíchy, mikroorganizmy), predikciách správania sa živých systémov (baktérie, vírusy, kvasinky), pátraní po mutáciach spôsobujúcich rakovinové bujnenie, pri skladaní genómov rôznych organizmov, predikciách proteínových interakcií a na pochopenie komplexných javov.

Keď sa doma pokúšam vysvetliť, čo robím, tak to mnohým príde ako science fiction. Sekvenovanie rôznych vzoriek a endemitov, personalizácia liečebných postupov, predikcie interakcií vírusov a imunitného systému, pochopenie vplyvu liečiv na vybrané skupiny pacientov? Bude super, ak sa to raz bude dať robiť vo veľkom aj u nás.

Ach… sme zas pozadu. Na západe je to už bežné. Je normálne, že veľké nemocnice majú servisné bioinformatické pracoviská, alebo s nimi aspoň spolupracujú. Bioinformatické oddelenia majú aj farmakologické firmy, vedecké konzorciá a vedecké inštitúcie.

Aj preto sa bioinformatika, kvantitatívna biológia či výpočtová biolóvia, vyučuje stále vo väčšom rozsahu. V Čechách, kde som pred 17 rokmi študovala, majú k dnešku 6 štúdijných programov bioinformatiky na bakalárskom stupni, 9 na magisterskom a 6 na PhD.

U nás sa dá bioinformatika študovať len v rámci jedného jediného – 1 – programu, a to na bakalárskom stupni na Univerzite Komnského. Na ďalších stupňoch nadväzujúceho štúdia je možnosť akejsi špecializácie na bioinformatiku v rámci informatiky.Strašne sme v tomto pozadu. Zas. Prečo sa u nás nekladie dôraz na “nové” atraktívne predmety a odbory?! U nás sa so špecializáciou bioinformatika nedá príliš ani uplatniť, kdežto len v takej Viedni ponúkajú pre túto oblasť desiatky pracovných miest.

Aby som bioinformatiku a jej štúdium predstavila, pripravila som niekoľko rozhovorov s kolegami, kamarátmi a študentmi.

Tento je o Antonisovi z Grécka a jeho ceste za PhD z bioinformatiky do Nemecka.

Antonis, can you introduce yourself?

I am Antonis Papadakis, from Chios, Greece. I got my Bachelor’s degree in the Department of Biology at the University of Crete. I finished my Master’s in Molecular Biology and Biomedicine at the same university. My thesis title was “Computational Prioritization of Differential Expression Gene Lists through Analysis of Regulatory and Functional Networks.” Currently, I am a PhD student at the CellNet Group in CECAD, Cologne, supervised by Prof. Andreas Beyer.

Why did you decide to study bioinformatics?

I found out during my lab experiences I am much better at coding than pipetting.

Where can we see an impact of bioinformatics (daily live, industry… any examples)?

Most of the basic research nowadays involves some degree of bioinformatical analysis. For more applied fields, that have a more direct impact on our daily lives, I would point to vaccine design or new drug discovery.

Which topics do you focus on?

The dynamics of RNA transcription, which means mostly analyzing RNA-SEQ data in both tissue-wide and single-cell level.

Academia or industry?

No idea yet.

Is PhD useful also for industry job applications?

No clue. Opinions vary whether it’s worth spending 3-4 years on getting a PhD instead of getting more direct job experience.
Záver:

Príliš do slovenskej bioinformatiky v praxi nevidím. Veľmi by ma potešilo, ak mi napíšete, či sa u nás robia RNA-seqy na úrovní tkanív a buniek. V akom množstve, z ktorých organizmov? Ktoré pracoviská to zahŕňa? Publikácie z danej oblasti od slovenských vedcov pôsobiacich na Slovensku? Dá sa u nás študovať bioinformatika v angličtine? Máme cez program Erazmus študentov na bakalárskom programe špecializujúcich sa na bioinformatiku?

S pozdravom,

Veve – Vaša oddaná bioinformatička

Leave a Reply

Vaša e-mailová adresa nebude zverejnená. Vyžadované polia sú označené *